Пропедевтика — базовые понятия для чтения TTT

Минимальный набор научных понятий, на которых стоит TTT-аппарат.

1. Биология — молекулярный уровень

Как устроен ген и его экспрессия. Низкий уровень описания, на который опираются все генетические и эпигенетические разборы.

Биология — молекулярный уровень:

• Ген, аллель, генотип vs фенотип — гомо/гетерозигота, доминантность, рецессивность
• SNP, VNTR, полиморфизм — конкретные виды генетических вариаций
• Экспрессия гена — гены работают не «всегда», они включаются и выключаются
• Наследуемость — что значит «50% наследуется»: популяционная статистика, не «у этого человека на 50%»
• Полигенность — почему «гена депрессии» не существует

Эпигенетика:

• Метилирование ДНК, модификация гистонов
• Обратимость, материнский эффект
• Внутриутробное программирование (DOHaD)
• Центральный механизм TTT: блокировка тени, обратимость фаз

2. Эволюция — популяционный уровень

Как работают изменения на масштабе популяции и поколений. Отдельный пласт от молекулярной биологии: тут другой объект (популяция, не клетка) и другая логика (отбор, не химия).

Эволюция — три принципа:

• Репликатор как условие эволюции
• Три принципа Дарвина: наследственность + изменчивость + отбор
• Естественный отбор и половой отбор
• Ландшафт приспособленности, локальный и глобальный максимум
• Адаптация и эволюционная функция
• Что эволюция НЕ делает (распространённые заблуждения)

Mate choice и MHC:

• Mate choice как механизм полового отбора
• MHC и HLA: иммунные гены и иммунное разнообразие
• Wedekind 1995 — футболочный эксперимент
• Биология «химии» между людьми
• Что MHC объясняет, а что нет

Смежный TTT-материал: Антропогенез — эволюция человека вглубь (растения → животные → обезьяны → человек). Не пропедевтика, а развёрнутая ветка TTT, но при чтении пропедевтики на эволюцию можно пользоваться им как иллюстрацией.

3. Нейробиология

База для всех нейробиологических текстов.

Нейробиология — основы:

• Нейрон, синапс, рецептор
• Электрический сигнал vs химическая передача
• Обратный захват и ферментативный распад медиатора
• Глия

Нейромедиаторы и гормоны:

• 10 нейромедиаторов: глутамат, ГАМК, дофамин, серотонин, норадреналин, ацетилхолин, окситоцин, вазопрессин, эндорфины, эндоканнабиноиды
• Гормоны: тестостерон, эстроген, прогестерон, кортизол
• HPA-ось (гипоталамус → гипофиз → надпочечники)

Структуры и сети мозга:

• Кора vs подкорка
• Префронтальная кора (dlPFC, vmPFC, mPFC, OFC)
• Лимбика (миндалина, гиппокамп, поясная)
• Подкорка (стриатум, VTA, прилежащее ядро), ACC, insula
• Большие сети мозга: DMN, TPN/ECN, salience; их антикорреляция

Автономная нервная система:

• Симпатическая ветвь (мобилизация)
• Парасимпатическая ветвь (восстановление)
• Энтерическая нервная система
• Блуждающий нерв, вагальный тонус, HRV
• Социальная роль вагуса

Зеркальные нейроны:

• Открытие (Риццолатти) и где находятся
• Имитационное обучение, прогноз действий
• База эмпатии: симуляция чужого состояния
• Что концепт объясняет, а что под вопросом

Нейропластичность и сенситивные окна:

• Структурная и функциональная пластичность
• LTP и LTD — память на уровне синапса
• Развитие мозга: синаптогенез, pruning, миелинизация
• Сенситивные / критические окна
• Пластичность взрослых

Смежный TTT-материал: Как формируется профиль — это уже применение нейробиологии к TTT, не пропедевтика, но при чтении пропедевтики удобно сверяться.

4. Математика

Минимум для понимания геометрических, динамических и игровых метафор TTT.

Геометрия и линейная алгебра:

• Координаты, оси, размерность (что значит «6-мерное пространство»)
• Вектор и базисные векторы
• Базис и ортогональность; почему DMN и TPN геометрически «противоположны»
• Отражение по оси (механика теневой инверсии на формальном языке)

Динамика и оптимизация:

• Динамическая система, пространство состояний, траектория
• Аттрактор, бассейн притяжения, типы аттракторов
• Бистабильность и фазовый переход (концепт фазового сдвига)
• Пространство поиска и фитнес-функция / фитнес-ландшафт
• Локальный vs глобальный максимум, способы выйти из локального
• Генетические алгоритмы
• Эмерджентность

Теория игр:

• Игроки, стратегии, выплаты
• Дилемма заключённого
• Равновесие Нэша и Парето-оптимум
• Повторяющиеся игры, tit-for-tat (Аксельрод)
• Информация как переключатель стратегий
• Нулевая и ненулевая сумма
• Эволюционно стабильная стратегия (ESS, Мейнард Смит)

Графы:

• Узлы и рёбра, направленный/ненаправленный граф
• Степень узла, распределения степеней, хабы
• Пути и связность, small-world
• Полный граф Kₙ (K₆ как «все связано со всем» для 6 функций)
• Окрашенные рёбра как несколько типов связи (5 типов связи на K₆)

Статистика:

• Среднее, медиана, стандартное отклонение
• Корреляция и антикорреляция, коэффициент Пирсона r
• Эффект-сайз — r=0.2 vs r=0.7; «статистически значимый» ≠ «большой»
• p-value и статистическая значимость
• Размер выборки

Теория информации:

• Бит, байт, колмогоровская сложность (вес информации)
• Сигнал и шум — граница зависит от задачи
• Сжатие без потери и с потерей
• Понижение размерности и моделирование (PCA, t-SNE, UMAP как формальные методы)
• Моделирование vs упрощение — формальное различие
• Абстракция как сжатие смысла

5. Методология

Эпистемические инструменты и логика чтения научно-аналитических текстов. Без этих инструментов читатель смешает утверждения разной природы.

Методология:

• Уровни описания (поведение / сети / структуры / медиаторы / гены / среда)
• Корреляция ≠ причинность
• Уровни достоверности (🔬 наука / 🧪 гипотеза / ⚠️ спекуляция)
• Карта ≠ территория
• Naturalistic fallacy